San Juan de Mata y san Félix de Valois fundaron, en el año de 1193 la Orden de la Santísima Trinidad, que se distinguía por su hábito blanco con capucha y escapulario con cruz roja y azul sobre el pecho.
El espíritu de los fundadores estaba orientado al rescate de los cautivos y la misión hospitalaria para peregrinos. Se cita como el más famoso rescate realizado por los trinitarios el llevado a cabo el 19 de septiembre de 1580: Juan Gil, redentor General, consiguió reunir los quinientos ducados de oro exigidos por el rey de Argel para liberar al cautivo Miguel de Cervantes Saavedra. El rescate se realizó gracias al dinero que dieran su madre y su hermana, que se completó con fondos de la "Tertia Pars" de los mismos trinitarios y limosnas pedidas a los mercaderes cristianos de la ciudad. El historiador francés Guy Turbet-Delof relata la redención en Trípoli el año 1700 de 64 cautivos.
Los monjes trinitarios llegaron a Zamora en la segunda mitad del siglo XVII. No contaban al principio con el apoyo financiero necesario para la construcción del convento y la iglesia, hasta que el licenciado Ruy Díaz de Villacorta patrocinó el inicio de la construcción a partir de 1673 del convento y la iglesia en la calle de San Torcuato. No pudo finalizarse el templo por la aparición de la peste en la ciudad que impedía la entrada de materiales. En 1676 y 1677 el convento solicitó a los regidores la apertura de la Puerta de San Torcuato para meter piedra y terminar el edificio. En 1678 volvieron a paralizarse las obras, aunque el diciembre ya se labraban nuevamente las cornisas. El impulso definitivo se produjo en 1679 merced a la decisión de don Cristóbal Ordóñez Portocarrero, testamentario de don Diego Altamirano de las Cabezas, de renunciar al enterramiento que éste había previsto para él y su mujer junto al altar del Cristo de la Catedral, por otro situado en el hastial del crucero del evangelio de la Iglesia de la Trinidad (San Torcuato). El sepulcro, cuyo adorno de pilastras y escudo aún se conserva, supuso el pago del retablo colateral correspondiente gracias a la entrega de rentas cuantiosas que se produjeron desde la muerte de Altamirano (23-3-1677) hasta la fecha de la escritura (26-8-1679), que se dedicaron por expreso deseo del testamentario a la perfección de la obra de la iglesia y del convento. Para ello se ordenaba el depósito de dichas cantidades en un arca, una de cuyas llaves quedaba en poder de Ordóñez.
Todavía hoy podemos ver, en la parte superior del pórtico de la Iglesia, esculpido en piedra, las imágenes simbólicas de la Santísima Trinidad sobre un ángel, y debajo los dos monjes fundadores de la Orden.
A partir de la Desamortización de Mendizábal, llevada a cabo según Real decreto de febrero de 1836, hizo que los monjes trinitarios abandonaran el convento. la Iglesia quedó como parroquia y el convento fue primeramente sede del Gobierno Militar, después Cuartel de Carabineros, Cuartel de la Guardia Civil, y a partir de 1985 se llevaron a cabo obras de rehabilitación y adaptación para convertir el edificio en Colegio Universitario.
