"En la segunda fase de Zamora Románica serán las iglesias las que generen los recursos". Esta fue la afirmación del director general de Patrimonio, Enrique Saiz, a finales del año 2012, cuando el plan de restauración de iglesias en la capital tocaba a su fin. Desde entonces, ninguna novedad ha trascendido sobre esta prórroga que tenía una vocación cultural y de promoción, después de haber popularizado la marca "Zamora Románica".

Meses antes de concluir el programa, la oficina técnica fue desmantelada y disuelto el equipo de trabajo. El director del plan, el arquitecto Fernando Pérez, se encargó de llevar hasta el final las últimas restauraciones, centradas en la finalización de las obras en Santa María la Nueva. El templo medieval fue entregado en la víspera de Semana Santa, lo que permitió devolver la iglesia a los devotos y, en particular, a la Hermandad de Jesús Yacente.

El plan requirió una inversión de más de seis millones de euros y se desarrolló durante casi seis años. La mayor parte del capital fue aportado por la Junta de Castilla y León, aunque el Ayuntamiento completó el presupuesto para la urbanización de los entornos de los templos. La mayor parte de los edificios románicos recibieron algún tipo de mejora, aunque Santa Maria la Nueva y Santiago del Burgo fueron las dos construcciones que más presupuesto se llevaron.