La Junta de Castilla y León, a través del Proyecto Cultural Zamora Románica, promueve una intervención en la iglesia de Santa María la Antigua de Villalpando para frenar su deterioro. Esta actuación, ejecutada por la empresa Rearasa, supone una inversión de 60.492 euros por parte de la Consejería de Cultura y Turismo para limpiar todas las ruinas del templo mudéjar y consolidar algunas de las zonas más deterioradas, pero no su recuperación integral. A lo largo del último año, el Ayuntamiento de la villa ha ido llevando a cabo otros trabajos -más modestos- de limpieza y mantenimiento del monumento, que al carecer de cubierta se ve expuesto a la lluvia, al crecimiento de la vegetación y a los excrementos de palomas y otras aves.

En esta ocasión, el mayor esfuerzo se lleva a cabo en los ábsides -los elementos mejor conservados- y en el cerramiento sur, el de la puerta. En los ábsides la intervención comenzó por una desinfección a fondo del interior, en la que se sacó palomino suficiente "para llenar un camión" a pesar de que la última limpieza se llevó a cabo hace menos de un año. En la zona exterior se desmontaron los tres refuerzos metálicos del ábside sur para reponer los sillares o ladrillos perdidos o sueltos y consolidar esta zona del templo.

Asimismo, se saneará la fábrica de cerámica y piedra de los ábsides eliminando los rejuntados sueltos o en mal estado y reponiéndolos con mortero de cal apagada. También se retirarán los revocos de cal o cemento en malas condiciones para enfoscarlos con mortero de cal y cemento blanco, y las marcas históricas existentes en la cabecera se remarcarán mediante rehundidos con mortero de cal y sílice. Las bóvedas se consolidarán reponiendo las piezas de ladrillo que faltan o se encuentran en mal estado, y se coserán las grietas reforzándolas con malla de fibra de vidrio, mortero, cal apagada y arena de río.

Para terminar, se colocará en los arcos de los ábsides una red antigorriones que protegerá su interior de la acción dañina de las palomas, mientras que una estructura de madera permitirá el acceso de las personas cuando sea necesario.

En cuanto a la fachada sur, se coronará con chapas de cobre, un sistema de protección similar al que existe en el resto de paredes, y se restaurará la puerta de madera. Con este "lavado de cara" la fachada exterior ofrecerá un aspecto completamente limpio, después de que el Ayuntamiento haya adoquinado el suelo del exterior en la parte meridional de Santa María, dentro de las actuaciones de puesta en valor del templo mudéjar llevadas a cabo en el último año.

Todo el suelo de la nave ha sido desbrozado, previsiblemente por última vez, ya que para evitar que la hierba vuelva a invadir la iglesia se extenderá un solado de piedra machacada y arena, todo ello prensado con rodillos compresores. Las lápidas conservadas en el suelo, se moverán para colocarlas a cota del nuevo solado, garantizando su adecuada conservación. La limpieza y protección del suelo es una de las partes más complejas de la obra, que el seguimiento de un arqueólogo para evitar que se dañe ningún elemento de valor.

En la memoria del proyecto cultural se califica esta iglesia como "uno de los referentes de la arquitectura mudéjar". Esta situada dentro del primer recinto amurallado de Villalpando, de hecho la fachada oeste y la espadaña se apoyan directamente sobre restos de la muralla. En origen tuvo planta basilical, con tres naves separadas por arcos de medio punto, de las cuales solo se conservan los tres ábsides.

La obra no tocará la torre de la iglesia, ni la esquina noroccidental donde se acumulan varios metros de tierra que condenan la puerta de acceso al campanario, uno de los puntos que peor aspecto presentan.

El alcalde de Villalpando, Félix González Ares, envió a la dirección general de Patrimonio Cultural de la Junta de Castilla y León un escrito para reconocer y agradecer la intervención que "sin duda contribuirá a frenar el progresivo deterioro que ha venido sufriendo el edificio y a consolidar sus ruinas" y expresar la necesidad de una "intervención arquitectónica integral" destinada a la reconstrucción total del monumento "para su verdadera puesta en valor y plena recuperación", y propone que se podría destinar a un uso público que garantice su mantenimiento, ya que solo una de las iglesias de la villa está habitualmente abierta al culto. El regidor ofrece la ayuda del Ayuntamiento en dicha empresa si se implica la Junta de Castilla y León.

En las últimas décadas se ha planteado varias veces esa necesidad de llevar a cabo una restauración integral de Santa María la Antigua, uno de los monumentos más emblemáticos de Villalpando. En 1990 se llegó a redactar un proyecto para consolidar las ruinas existentes y dotar al templo de infraestructuras necesarias para su uso como edificio de usos múltiples para el municipio, incluyendo un nuevo solado y una cubierta ligera, pero nunca se ejecutó.

Sin embargo, sí se han llevado a cabo intervenciones de consolidación y restauración de la ruina a cargo de la Junta de Castilla y León, una en 2004, en la que se repuso la cubierta de los ábsides, y otra en 2005 para consolidar el muro norte. Ambas fueron dirigidas por el arquitecto Leocadio Peláez Franco.

El Ayuntamiento de Villalpando no ha olvidado la idea de dar un uso público al céntrico monumento, y el Obispado de Zamora sigue estando dispuesto a cederlo al municipio, pero la transformación integral de la ruina y su adecuación a las nuevas funciones es un proyecto demasiado grande para el Consistorio, cuyo presupuesto total ronda el millón de euros cada año para satisfacer todas las necesidades de la población.

El anhelo del actual Gobierno Local es convertir Santa María en un vistoso centro cultural. De hecho, de manera excepcional el templo ha acogido eventos musicales, como recitales de flamenco o exhibiciones del folclore local, en los que tanto los artistas como el público destacaron la singularidad de ese entorno como marco de expresiones artísticas, especialmente durante la noche.