El equipo de Gobierno municipal de Molacillos ha puesto el mal estado de la iglesia en conocimiento tanto de la Dirección de Patrimonio de la Junta de Castilla y León como del Obispado. De hecho, técnicos de la institución regional han visitado el templo al menos en dos ocasiones, la última hace medio año, y han certificado su avanzado estado de deterioro aunque sin comprometer ninguna partida presupuestaria para el arreglo del mismo, según aseguran fuentes municipales. El Obispado también tiene constancia de la mala situación en la que se encuentra la iglesia pero tampoco ha mostrado su disposición a afrontar la inversión necesaria para ejecutar una restauración. Por su lado, el Ayuntamiento señala su incapacidad económica para sufragar una reforma. De hecho, la actual corporación municipal solicitó al Servicio de Medio Ambiente de la Junta de Castilla y León permiso para retirar algunos de los nidos de cigüeña y obtuvieron la autorización para ello, pero los costes de instalación de las grúas y escaleras para acceder al tejado, teniendo en cuenta la gran altura del templo, superaban el presupuesto del que disponía el Ayuntamiento.

Para atajar el grave deterioro de la iglesia, la obra más urgente sería la reparación de la cubierta para evitar las goteras y humedades. La última intervención de este tipo se realizó al menos hace diez años, según recuerdan algunos vecinos de la localidad. En todo caso, una nueva restauración se convertiría en un remedio provisional porque el elevado número de aves volverían a causar desperfectos en la cubierta, por lo que la solución pasaría por contar con un presupuesto de mantenimiento o encontrar una fórmula para evitar la proliferación de nidos, según apuntan fuentes municipales.