El Comisario pidió a los ayuntamientos la colaboración en el tratamientos de los tramos de ríos por sus términos municipales, ante las limitaciones de recursos y personal, "en una cuenca con 60.000 kilómetros no sería posible conseguir los objetivos de gestión y regulación". Un capítulo pendiente es agilizar la información a los ayuntamientos en caso de problemas con las avenidas, ya que son los responsables de Protección Civil. Los alcaldes trasladaron públicamente el problema de asumir más competencias en la limpieza de cauces pero sin dotar partidas presupuestarias. Otros alcaldes señalaron el retraso de Confederación en responder a las consultas o peticiones, que en casos como Cernadilla por levantar un muro para evitar que se anegara el paso de peregrinos, terminó en un expediente sancionador.
El jefe de Servicio de Calidad de Aguas de la CHD, Carlos Marcos Primo, precisó la obligación de los ayuntamientos de depurar las aguas residuales lo que implica el cobro de una tasa de depuración, que en muchos casos los Ayuntamientos prescinden de imponer a sus vecinos. CHD ha puesto en marcha un Plan de Tratamientos singulares de carácter experimental de vertidos en pequeñas poblaciones de la cuenca, con el objetivo de establecer aquellas tecnologías o sistemas de depuración más apropiados y con menos coste para los núcleos más pequeños y con menos población. El coste real, en palabras del técnico, "es razonable y el coste de explotación y mantenimiento es más que razonable".
