Los órganos de Gobierno de la Mancomunidad de Interés General Urbana son asamblea de concejales, el consejo directivo, el presidente y la comisión especial de cuentas. La asamblea de concejales es el órgano de Gobierno de la mancomunidad de la que forman parte los representantes electos de cada uno de los municipios que la forman, designados respetando la representatividad política de cada corporación. Los pueblos de menos de 500 habitantes tienen un representante, de ahí hasta 1.500, dos representantes, hasta cinco mil, tres representantes y el municipio de mayor población, es decir, la capital, cinco. Cada municipio tendrá voto ponderado.
El consejo directivo es el órgano de Gobierno de la Mancomunidad, del que forman parte un representante de cada uno de los municipios. Y el presidente es nombrado también por la asamblea de concejales, "previa designación del municipio de mayor población entre sus miembros". Las elecciones municipales renuevan la mancomunidad.
