El aspecto frágil de don Gregorio no debe hacer pensar que se trataba de un hombre de poco carácter. Bien al contrario, mantuvo sus convicciones con fortaleza, lo que le valió protagonizar algunas polémicas, por ejemplo con el Ayuntamiento de la ciudad con motivo de la supresión de la costumbre de velar a La Concha en el salón de Plenos, la ocupación de la Plaza Mayor con la Feria del Libro el mismo domingo en que se celebraba el Corpus o la celebración de la Transgress Fest en la Plaza de la Catedral (aunque en este caso el protagonismo fue de los segundo espadas). Durante estos episodios se constató que la sintonía entre los inquilinos del Palacio Episcopal y la Casa de las Panaderas no era demasiada.

Seminario. Los "brotes verdes", como denominaba don Gregorio a los seminaristas eran una de sus prioridades. Por eso trató de cuidar el Seminario y seguía atentamente la evolución de todos y cada uno de los aspirantes a vestir la sotana. Las dos últimas incorporaciones de sacerdotes fueron para el obispo "una esperanza aunque no soluciona nada porque el problema de las vocaciones es muy serio. Hay que pasarlo mal a la hora de cambiar a los sacerdotes porque no hay de dónde coger. Estoy muy agradecido por estos muchachos jóvenes, que saben lo que es esto y que digan aquí estoy yo. Ojalá sean los primeros de muchos a partir de ahora. De hecho se ocupó de los jóvenes. Una de sus iniciativas más llamativas fue la que se llevó a cabo el 25 de mayo de 2013, cuando el obispo de Zamora, Gregorio Martínez Sacristán, administró el sacramento de la confirmación a 292 adolescentes y jóvenes de Zamora capital en el marco de una eucaristía celebrada en el Auditorio Municipal "Ruta de la Plata".

Órdenes religiosas. Durante los años de obispado de Gregorio Martínez también se han visto afectadas por la crisis de vocaciones varias órdenes religiosas con presencia en la diócesis, aunque en este caso nada se pueda achacar a la gestión del prelado. Concepcionistas y Juanas (Carmelitas Descalzas) dejaron Zamora.

Visitas pastorales. Una de las actividades que retomó en los últimos tiempos Gregorio Martínez fueron las visitas pastorales a los distintos arciprestazgos de la diócesis. Habituales al inicio de su mandato, no pudo continuar con ese ritmo en los años sucesivos debido a sus problemas de salud. Pero la idea era seguir con estas visitas "que son un cometido que los obispos tenemos, donde entramos en contacto con las comunidades cristianas, donde escuchamos, donde evaluamos cómo están las parroquias, celebramos la eucaristía u otros sacramentos como la confirmación, se visita a los enfermos... Es un momento de encuentro del obispo con las parroquias". Algunas decisiones de traslados de párrocos de unos destinos a otros encontraron la oposición de los fieles, algo que suele ser habitual sobre todo en aquellos casos en que los curas se ha hecho más populares entre sus feligreses.

Religiosidad popular. Los reproches que en ocasiones hacía a las cofradías no significa que Gregorio Martínez no valorara la religiosidad popular. La sociedad pierde los valores de la fe, "pero en Zamora hay una cosa que permite que se pierda menos porque hay un antídoto, que es la famosa religiosidad popular, sobre todo centrada en la Semana Santa y en la cantidad de romerías que hay en los pueblos. Esa religiosidad popular es lo que permite que en Zamora no caigamos en la más absoluta de las increencias como pasa en algunos lugares de España", decía en la última entrevista concedida a la Hoja Diocesana, la publicación oficial del Obispado de Zamora.