Aunque las distintas estancias del convento de Santa Sofía presentan diversos problemas de conservación, técnicos de la Fundación Fomento Hispania han reconocido que, tras actuar en la calle Las Monjas de la que proceden las filtraciones de agua que afectan a los muros perimetrales, es preciso intervenir de forma urgente en el patio de la Cisterna. En este caso, han advertido de que el patio carece de los debidos soportes laterales que contrarresten los esfuerzos horizontales, lo que provoca que las dos hileras de esbeltas columnas que bordean el histórico claustro presenten un elevado grado de inestabilidad. Otro de los símbolos del convento que presenta problemas de conservación es el torreón, que fue reconstruido en parte después de sufrir un incendio, y en el que se han detectado desprendimientos del mortero, aunque también ha desaparecido un vierte aguas y faltan tejas de la cubierta. El torreón es el vestigio más antiguo del palacio que, hace 700 años, la reina María de Molina donó a la congregación religiosa que lo habita desde 1316. La Junta aprobó, en mayo de 2017, que el convento de Santa Sofía fuera declarado Bien de Interés Cultural en la categoría de monumento, tras valorar que representa un espacio único de alto valor patrimonial, conformado por los restos de la antigua casa del siglo XIII del obispo de Coria que, posteriormente, se convirtió en el palacio de la reina María de Molina.
