En Fuentelapeña hubo un convento de la Orden de San Juan, que en el año 1534 fue trasladado a Zamora por decisión del Gran Prior de Castilla y León, don Diego Álvarez de Toledo. Aquella congregación de monjas del convento de Santa María de los Villares se instaló en una casa cerca de la Puerta de San Torcuato, al lado de la antigua iglesia de San Torcuato que se encontraba en la que hoy es conocida como plaza del Maestro.

Poco tiempo estuvieron las monjas de San Juan en la casa de San Torcuato, pues fueron mudadas a otra casa junto a la iglesia parroquial de San Gil, cuya iglesia, que se encontraba en la que hoy conocemos como Plaza del Maestro Haedo, también desapareció hacia 1632. Los restos de la iglesia de San Gil fueron descubiertos en unas catas arqueológicas llevadas a cabo en el año 2006.

Por tercera vez, el Prior cambió a las monjas de San Juan de emplazamiento y las llevó junto a la Iglesia de San Martín de los Caballeros, también desaparecida; hasta que fue habilitado un convento antiguo que había sido residencia de los Templarios y que se encontraba junto a la Iglesia de Santa María de la Horta.

Allí quedaron definitivamente asentadas las monjas de San Juan de Jerusalén con la aprobación del Pontífice Paulo III, que en una bula papal daba facultad para admitir doce religiosas "de honesta vida y loables costumbres" que procedieran de otros conventos, ya fueran mendicantes o monacales, si estaban de acuerdo dichas religiosas y pidiendo primero licencia a sus preladas, concediéndoles los mismos privilegios de que gozaban todas las personas de la Orden.

El mismo D. Diego Álvarez de Toledo solicitó en 1523 la creación del "Bailiaje de Lora", que le fue concedido y que pasaría a don Antonio Enríquez de Guzmán, hijo del Conde de Alba y Aliste con residencia en Zamora, a su fallecimiento. El "bailío" era un representante de la administración Real o Señorial en un territorio determinado, que administraba justicia en nombre del Rey. Las tierras bajo la jurisdicción de un bailío se llamaron "bailiaje". Fernando III El Santo, en el año 1247 donó la villa de Lora del Río a la Orden de San Juan de Jerusalén; en estos territorios la Orden organizó un señorío que se consideró una bailía, cuya capitalidad residía en la villa de Lora jurídicamente.

Se estableció en la torre de la iglesia de la Horta el archivo de la Lengua de Castilla, donde había importantes escrituras y documentos sobre pruebas de nobleza de los caballeros. El cronista Salazar, en su Colección de Documentos, que se guarda en la Academia de la Historia, pone la relación de las pruebas de nobleza que vio en el Archivo de la Orden de San Juan de Zamora, en cuya relación hay más de treinta nombres de nobles de la provincia de Zamora.