Mientras que los Reyes Católicos estaban dedicados a la conquista del reino de Granada, el conde de Lemos, Rodrigo Enríquez de Castro, aprovechó la ocasión para tomar por la fuerza la villa de Ponferrada que tenía alcalde real, pretextando derechos de mayorazgo y antiguas diferencias con el conde de Benavente. Dado este primer paso, siguió tomando tierras, fortificó los castillos y se hizo dueño de Galicia, cometiendo toda especie de tropelías y desafueros.

Queriendo la reina Isabel castigar ejemplarmente aquella rebelión, sin descuidar la campaña en que estaba empeñada, mandó al Conde de Benavente que reuniera la gente de armas de su comarca y marchara a poner sitio a Ponferrada, para lo que contó con las huestes de Zamora, Benavente, Villalpando, Villafáfila y otros lugares.

El de Lemos resistió todo un año, en vista de lo cual vinieron al siguiente los Reyes a la villa de Benavente y convocaron a caballeros y peones de Zamora y su comarca con intención de ir a tomar Galicia, pero no fue necesario porque el rebelde se sometió, privándole doña Isabel de las villas y haciéndole pagar los gastos que había originado.

Fue desorbitado el gasto de estas operaciones, nueve millones de maravedíes, que para la Corona se entendió como aleccionador para aquel noble gallego. En las cuentas que presentó el tesorero Ruy López de Villalobos por gastos para este sitio, se ponen los sueldos de los espingarderos y de los maestros carpinteros, herreros, carreteros, vecinos de Toro, Zamora y Benavente, expresando que algunos eran moros y judíos. Los originales de estas cuentas se hallan en el archivo de Simancas.

Aquella imponente masa armada que marchó hacia Ponferrada iba equipada con moderno material de artillería. El 14 de abril de 1486 el ejército real cruza el puerto de Manzanal y van ocupando Bembibre, Carracedo, Balboa y Villafranca.

En 1488 Ponferrada pasa definitivamente a manos de los Reyes Católicos, con Juan Torres como Alcalde y Corregidor de Ponferrada y El Bierzo. Con todo, el de Lemos no se había dado por vencido y acontecimientos como la muerte de Isabel de Castilla, la enfermedad de Doña Juana y la estancia de Fernando el Católico en Nápoles le alentaron en 1507 a hacer valer de nuevo sus ambiciones, y ocupó fácilmente Ponferrada y Villafranca con la ayuda que le prestaron otros nobles gallegos. Sin embargo, pronto se verá desprovisto de apoyos y ante la vuelta del Rey a la Península se aviene a razones y devuelve ambas villas a la Corona.