El emir de Córdoba firmó una tregua de una año con Fernando III El Santo. Sin embargo, esta tregua no impedía que los castellanos atacaran baluartes que ya no dependían del emir. El emir decidió no pagar lo que había pactado y los cristianos dirigidos por el segoviano Domingo Muñoz tomaron los arrabales de Córdoba.

Era la hora de mediodía de mediados de enero de 1236, cuando el rey Fernando, que se encontraba comiendo en tierras zamoranas, recibió la noticia de que los cristianos habían tomado un barrio de Córdoba y allí se habían hecho fuertes, pero que necesitaban ayuda.

Marchó el rey Fernando inmediatamente por Ciudad Rodrigo con cien jinetes, dejando orden de que le siguieran los concejos. Sentó sus reales en el Puente de Alcolea, dispuesto a conquistar la ciudad de los califas. La Seña Bermeja viajó hacia Córdoba y tomó parte en el triunfo. De los cien caballeros que acompañaron al rey desde Benavente, se citan Fernán Ruiz Cabeza de Vaca, Diego López de Bayán, Martín González de Majacos, Sancho López de Ayllón y Juan Arias Maja, entre otros.

Los castellanos resistían en la Barriada de la Axerquía a la espera del monarca con los refuerzos. Junto al rey moro se encontraba Lorenzo Suárez y su mesnada de doscientos hombres. Lorenzo había sido desterrado de Castilla y propuso a Ibn Hud dirigirse al campamento cristiano como espía para informar de lo que hacían las tropas del rey Fernando, pero el rey moro no quiso combatir contra don Fernando y tomó la decisión de retirarse. La ciudad abandonada por su emir, planteó rendirse y pedir al rey cristiano que les dejasen marchar llevando sus enseres, no obstante dejaron pasar más de tres meses de campaña.

Córdoba, famélica por el asedio, se rinde el 29 de junio y entrega las llaves de la ciudad. Don Fernando respeta lo pactado y dejó salir vivos y con sus bienes muebles a todos los musulmanes.

Al día siguiente, Fernando III hizo su entrada solemne en la ciudad de Córdoba. El obispo de Osma y el maestro Lope Fitero, futuro Obispo de Córdoba purificaron la Mezquita para el servicio al culto cristiano. En la Mezquita-Catedral se celebró un solemne pontifical y se entonó el "Te Deum". Después, Fernando III pasó a residir en el Alcázar.

Las campanas de la Catedral de Santiago de Compostela, que Almanzor se había llevado en el año 997 a hombros de cristianos, fueron encontradas en la Mezquita cordobesa que las utilizaban como grandes lampararios. En consecuencia, las campanas fueron devueltas a Galicia a hombros de los moros.