Nació en Zamora en el año 1171 y falleció en Villanueva de Sarriá (Galicia) en 1230. Sucedió en el trono del reino de León a su padre Fernando II, que murió en Benavente en 1188, siendo enterrado, por su expreso deseo, en la catedral de Santiago de Compostela. Alfonso IX, durante su infancia, tuvo un gran contacto con sus progenitores, quienes le pusieron numerosos preceptores que le instruyeron en el campo militar e intelectual porque su padre, tuvo mucho interés en ligarlo desde niño al trono. Siendo joven contrajo una grave enfermedad que le afectó a la vista a causa de la cual estuvo a punto de morir. Recuperada la salud continuó su educación. La milagrosa curación se atribuyó a San Isidoro del que era muy devoto su padre. En Carrión de los Condes fue armado caballero por su primo Alfonso VIII, rey de Castilla; en este acto, independientemente de admitir la superioridad del castellano, el rey leonés aceptaba casarse en el futuro, con una infanta castellana para afianzar las relaciones entre León y Castilla, sin embargo, contraería matrimonio con la infanta Teresa, hija del rey de Portugal, en febrero de 1191 para disponer de mayor apoyo y fuerzas militares frente a Castilla. Posteriormente casaría con Dª Berenguela hija de Alfonso VIII. La boda se efectuó en la iglesia de Santa María la Antigua de Valladolid a finales de 1197. Fue un gran acierto político porque la principal repercusión que tuvo fue que, momentáneamente, quedó establecida la paz y la tranquilidad entre los dos reinos ya que Berenguela recibió como dote, todas las plazas que Alfonso VIII había arrebatado al rey leonés, y éste como prueba de buena voluntad, entregó a su esposa como regalo de boda, todas las fortalezas que conservaba del monarca castellano. La intervención por diferentes circunstancias de los papas, Celestino III e Inocencio III, en las relaciones entre León y Castilla y la vida particular del monarca, originó que consideraran ilegítimo el segundo matrimonio de Alfonso IX con Dª Berenguela hecho que obligó a ambos cónyuges a separarse a pesar de que en los muchos años que vivieron juntos, siempre entre ellos hubo una buena relación. El primero de los pontífices, muy irritado, también los excomulgó, aunque el segundo levantaría esta bula, porque en varias ocasiones, el rey leonés, en las continuas luchas que sostuvo contra Castilla, contó con la ayuda económica y militar de los almohades.

Nada más comenzar a reinar, en 1188, convocó una curia extraordinaria en León, en la que participaron altos miembros de la Iglesia y de la nobleza, junto a representantes de las ciudades. Muchos historiadores han visto en este hecho, una auténtica convocatoria a Cortes. Parece ser que el fin que perseguía el nuevo monarca, era afianzar su poder en el interior y sobre todo solucionar los graves problemas económicos que había en el reino al morir su padre. Una de las facetas fundamentales que llevó a cabo fue la repoblación de las tierras del interior del reino, especialmente las gallegas y las que se encontraban en la frontera de Zamora con Portugal.

Los últimos años de su vida los dedicó a luchar contra los musulmanes. Aunque no en presencia, colaboró con los monarcas cristianos para acabar con los invasores almohades que, dirigidos por Miramamolín, fueron finalmente derrotados en la batalla de las Navas de Tolosa (Jaén) (1212). Posterior y sucesivamente, les fue arrebatando Valencia de Alcántara, Cáceres, Montánchez, Mérida, Badajoz y Elvas (Portugal). Los años de existencia de este monarca, bien aceptado históricamente, fueron un continuo hervidero de diferencias y luchas entre León y Castilla, hasta que más tarde, en tiempos de Fernando III (hijo de Alfonso IX y Berenguela), quedarían definitivamente unidos en el año 1230 bajo el cetro de este rey apodado "El Santo".