La capital zamorana tuvo un especial protagonismo en la guerra que se inició contra Portugal en el año 1801. En Zamora se concentró un importante contingente de fuerzas españolas y francesas, con una gran cantidad de municiones y pertrechos que se depositaron, a falta de otro lugar con capacidad suficiente, en la ermita de San Atilano.
Se reunieron en nuestra ciudad ocho batallones de guardias walonas y españolas, dragones de la Reina, carabineros reales, guardias de corps y voluntarios de Aragón amén de una división francesa; sumando entre todos 10.292 soldados mandados por el teniente general don Diego Godoy con los mariscales de campo don Carlos de Vit y don Juan Ordoñez y el Jefe del Estado Mayor don Juan Venegas.
Tanta tropa llenó con exceso los cuarteles y alojamientos de la ciudad, encareciendo los utensilios y mantenimientos. Por fortuna la paz, hecha pocas semanas después, libro al vecindario de tan agobiante concurrencia que marchó seguidamente.
Napoleón había conminado a Portugal para que rompiera su alianza con Inglaterra y cerrara sus puertos a los barcos ingleses. En este conflicto involucró a España, gobernada entonces por el Ministro Manuel Godoy, mediante la firma del Tratado de Madrid de 1801. Según este tratado, España se comprometió a declarar la guerra a Portugal si la nación vecina seguía manteniendo el apoyo a los ingleses.
La campaña militar apenas duró dieciocho días entre mayo y junio de 1801. En ella, un ejército español y francés al mando de Diego Godoy ocupó sucesivamente poco más de una docena de poblaciones portuguesas, entre ellas Arronches, Castelo de Vide, Campo Maior, Portalegre, Olivenza y Juromenha. La resistencia portuguesa fue mínima.
La paz se firmó en Badajoz el 6 de junio, devolviéndose todas las plazas conquistadas a Portugal con la excepción de Olivenza y su territorio, que ya era un viejo contencioso fronterizo entre los dos países.
Aunque el acuerdo entre Francia y España preveía que Portugal cedería a España una o varias provincias portuguesas que representasen el veinticinco por ciento de la población metropolitana para poder usarlas como moneda de cambio y conseguir la devolución o cesión de Mahón, la isla de Trinidad y Malta, esta cláusula fue obviada por Carlos IV de España, con grave disgusto y contrariedad de Napoleón.
La Guerra de las Naranjas recibió este nombre debido al ramo de naranjas que Godoy hizo llegar a la reina María Luisa cuando sitiaba la ciudad de Elvás.
