El Museo de Zamora fue creado, como la mayoría de los museos provinciales, a raíz de la desamortización eclesiástica del siglo XIX; sus primeros fondos serían, en consecuencia, las pinturas procedentes de los monasterios suprimidos de la provincia.

Inaugurado simbólicamente por el rey don Alfonso XII en 1877, su apertura no se haría realidad hasta 1911, cuando pasó a ocupar, en precaria instalación, la iglesia del convento dieciochesco de Las Marinas, en la calle de Santa Clara. La demolición de dicho convento -en fechas tan próximas como 1975- obligó al museo a un forzoso letargo, con sus fondos recogidos en el improvisado almacén de la iglesia del Hospital de la Encarnación.

A principios de los años 80, con la elección del Palacio del Cordón como sede definitiva del museo, se aborda la construcción del nuevo edificio. Su complicado desarrollo, no exento de vicisitudes, obliga a la interrupción de las obras apenas construida una crujía. Algunas actuaciones paralelas mejoran sensiblemente el panorama: el acondicionamiento de la cercana iglesia de Santa Lucía facilita, a finales de 1989, la instalación ordenada de los fondos del museo en un almacén visitable. En 1993 se ocupa provisionalmente el único sector edificado del Palacio del Cordón, que acoge los servicios del centro a la vez que una pequeña exposición pública; por último, la ejecución de un nuevo programa arquitectónico y museístico por parte del Ministerio de Educación y Cultura permite la culminación en 1998 de este largo proceso y que el Museo de Zamora, bajo la gestión de la Junta de Castilla y León, pueda convertirse, finalmente, en realidad.