Juan Antonio Menéndez Fernández nació en Villamarín de Salcedo (Grado-Asturias) en 1957. Ingresó en el Seminario Metropolitano de Oviedo en 1968, donde realizó los estudios de secundaria y posteriormente los estudios eclesiásticos, obteniendo la Licenciatura en los mismos en 1980. Fue ordenado sacerdote el 10 de mayo de 1981 en la parroquia del Sagrado Corazón de Villalegre (Avilés). En 2005 obtuvo la Licenciatura en Derecho Canónico por la Universidad Pontifica de Salamanca.
Durante su ministerio sacerdotal desempeñó las siguientes responsabilidades: Coadjutor de Santa María Magdalena de Cangas del Narcea. Párroco de Teverga y parroquias adyacentes. Arcipreste de Teverga. Vicario Episcopal de la Vicaría de Oriente. Vicario General del Arzobispado. Canónigo de la Catedral. Párroco de San Antonio de Padua en Oviedo. Vicario Episcopal de Asuntos Jurídicos y Párroco de San Nicolás de Bari de Avilés.
Recibió la ordenación episcopal el 8 de junio de 2013, siendo el ordenante principal Monseñor Jesús Sanz Montes, que estuvo acompañado por el nuncio apostólico en España Monseñor Renzo Fratini y el arzobispo emérito de Oviedo, don Gabino Díaz Merchán.
El 13 de marzo de 2014, en la 103ª Asamblea Plenaria de la Conferencia Episcopal Española, quedó adscrito a las Comisiones Episcopales de Migraciones y de Pastoral.
