La problemática con este edificio nace de su no inclusión en el Catálogo de Edificios Protegidos, algo que le hubiera salvado de ser pasto de escombros en un futuro próximo. En el año 2009, la Junta de Castilla y León recomendó su protección, pero su petición fue desestimada. En marzo de 2011, tras este episodio, el Ministerio de Hacienda procedió a la subasta del complejo harinero de la avenida de la Feria, compuesto por dos cuerpos delanteros de edificación, uno de planta baja y otro de tres plantas, entre los que se haya un patio de entrada, sótano, corral, cobertizos y varias dependencias al fondo, destinadas a diversos usos. Fue entonces cuando comenzó el principio del fin de este emblemático inmueble de la Zamora del primer tercio del siglo XX.
A principios de este año 2017, el Foro Ciudadano de Zamora registró en el Ayuntamiento una petición formal para dotar de protección patrimonial y cultural a fábrica de harinas San Isidro ante los rumores de demolición que comenzaban a planear sobre el inmueble. Sin embargo, poco después, Francisco Guarido daba al traste con estas aspiraciones. "Lamentablemente, es fácil anticipar lo que siempre ocurre en Zamora. Si protegemos la fábrica sin uso concreto, se caerá en unos años", indicaba.
