Uno de los objetivos del Bachillerato de Investigación y Excelencia es el de poner a disposición de los alumnos los recursos y métodos de trabajo próximos a la dinámica universitaria. Esto les permitirá elaborar, exponer y argumentar de forma razonada diferentes proyectos, con lo que se habituarán a la investigación como principio esencial. Al mismo tiempo, adquirirán una formación que les estimulará para los retos en sus posteriores estudios universitarios.

De hecho, las universidades públicas de Castilla y León trabajan en estrecha colaboración con el profesorado de este Bachillerato en la confección de actividades complementarias de formación en sus instalaciones y proyectos de investigación, a través de convenios específicos entre institutos y facultades. En la actualidad existen cuatro acuerdos de este tipo, con las universidades de Valladolid, León, Salamanca y Burgos, la última en unirse.

El Claudio Moyano fue el primer instituto de la capital en unirse a este bachillerato especial, en la modalidad de Ciencias. Este pasado curso terminaban los alumnos de la primera promoción. De hecho, uno de ellos obtenía la nota más alta de Selectividad en el distrito de la Universidad de Salamanca. Con carácter general, pueden acceder a este bachillerato todos los alumnos que lo soliciten y superen un proceso de selección, siendo requisitos mínimos para participar en él haber obtenido el título de graduado en Educación Secundaria Obligatoria y, en el caso concreto de acceso para el curso 2016-2017, una nota media igual o superior a siete en la etapa. Las modalidades, materias troncales y específicas son idénticas a las del bachillerato ordinario. Además, cursan una materia más en el espacio de las de libre configuración autonómica y disponen de periodos de libre disposición destinados a profundizar en los contenidos y realizar actividades prácticas. En todas ellas, se potencia el uso de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC). En la opción de modalidad, en el espacio destinado a las materias de libre configuración autonómica, se cursa la materia "Iniciación a la investigación" en el primer curso de la etapa, con una dedicación semanal de dos horas, y se realiza un proyecto de investigación en segundo curso.