El informe del Consejo de Cuentas revela que la dotación inicial del Fondo de Compensación Interterritorial (FCI) para Castilla y León en el año 2013 fue de 25.037.630 euros, es decir, un decremento respecto a 2012 del 21,25%, cuya dotación fue de 31.794.810 euros. El grado de ejecución de los superproyectos financiados por el FCI del ejercicio 2013 alcanzó el 100%. A juicio de Jesús Encabo, presidente del Consejo de Cuentas, "se mantienen las debilidades de control interno relacionadas con la gestión de los FCI detectadas en las fiscalizaciones de ejercicios anteriores. En el ejercicio 2013 no se han identificado gastos certificados al fondo que no cumplan los requisitos de elegibilidad establecidos en la Ley 22/2001". La Consejería de Economía y Hacienda, insiste Encabo, "debe de adoptar las medidas necesarias para que la contabilidad que refleja la ejecución de los proyectos financiados con cargo a los FCI proporcione una información pormenorizada de cada proyecto incluido en el Anexo a la Sección 33 de los Presupuestos Generales del Estado a nivel de superproyectos". Otra recomendación es que el mismo departamento autonómico "debe elaborar un manual de procedimientos en el que se regule la gestión y el control de los proyectos a financiar con el FCI. La necesidad de este manual ha quedado patente a la vista de las deficiencias detectadas en ejercicios anteriores (relativas a la elegibilidad de los gastos certificados)".

Todos los grupos políticos de las Cortes de Castilla y León censuraron que la Junta no escuche "año tras año" las continuas recomendaciones del Consejo de Cuentas, que inciden, por ejemplo, en la necesidad de que se acorten los tiempos de rendición de cuentas por parte de la Junta.