El estudio, entre otros, de los Pleitos colombinos permitió a Fernández Duro combatir la "leyenda negra" que perseguía a España por el Descubrimiento y desenmascarar la interesada versión del conde Roselly sobre la trascendencia del Colón en el hallazgo del Nuevo Mundo, reivindicando así figuras como las del Rey Católico, los hermanos Pinzón, fray Pérez de la Rábida o el obispo Fonseca.

Fernández Duro sintió por su patria chica, Zamora, un amor apasionado, que le llevó a a recoger datos y pormenores relacionados con la capital y las comarcas. Después se consagró, con su erudita pluma, a la exaltación de su glorioso pasado. Los estudios más importantes, por orden cronológico de aparición, son la "Bibliografía del cerco de Zamora", "Romancero de Zamora: Precedido de un estudio del cerco que puso a la ciudad D. Sancho el Fuerte", "Pedro Mato y la Gobierna", "Memorias históricas de la ciudad de Zamora, su provincia y obispado", y "Colección bibliográfica-biográfica de noticias referentes a la provincia de Zamora o materiales para su historia".

Don Cesáreo murió en Madrid el 5 de junio de 1908, en su casa de la Calle las Salesas, 3 (hoy conde de Xiquena), a los 78 años, en una dramática escena, que describió así la necrológica de la revista "Vida Marítima": "...las circunstancias que rodearon sus últimos momentos y el fallecimiento de su viuda sobre el féretro mismo de su esposo, no han podido ser más conmovedores, pues recibió los últimos sacramentos vestido con su uniforme de gala, y todavía caliente su cadáver, diríase que tuvo el consuelo de recibir el de su noble dama que compartió su existencia con él y que cayó muerta, transida de dolor sobre sus inanimados restos?".

Fernández Duro fue nombrado presidente de la Comisión, que en unión de otra marroquí, debía señalar el emplazamiento de Santa Cruz de Mar Pequeña, más tarde Ifni, que había sido concedida a España a perpetuidad por el tratado de Wad-Ras, y que en realidad recreaba el fuerte español levantado finales del siglo XV. Hubo varias teorías, pero triunfó la localización de Fernández Duro.