El Jueves Santo de 1964 fue la última ocasión en que la Cofradía de la Santa Vera Cruz, Disciplina y Penitencia inició su salida procesional desde la iglesia San Juan, pues la hermandad estaba radicada en la capilla de San Miguel desde el año 1810, cuando abandonó el oratorio del deán del convento de San Francisco, actual sede de la Fundación Afonso Henriques, donde estaban al culto varias imágenes.
La céntrica capilla tenía unas dimensiones de 73 metros cuadrados, según figura en el libro «La Cofradía de la Santa Vera Cruz de Zamora. Historia y Patrimonio Artístico», pero en ella recibían culto Jesús Nazareno, la Dolorosa antigua y la nueva, realizada por Ricardo Segundo. También acogía a Jesús y al ángel del paso de La Oración del Huerto y el de La Flagelación, el Cristo de la Laguna y San Miguel a lo que se unían objetos procesionales, enumera el historiador José Andrés Casquero.
El traslado de la Vera Cruz al templo románico incrementó «la celebración de los cultos, propició que hubiera un mayor contacto entre los hermanos y existiera mayor hermandad», subraya Chano Lorenzo quien recuerda perfectamente cómo los hermanos salía cubiertos desde el interior de la iglesia.
La restauración de San Juan de 1957 y el descubrimiento del rosetón hicieron que la Comisión Provincial de Monumentos instara a la Vera Cruz a que facilitara su liberación, lo que conllevaba el derribo de la capilla de San Miguel. Según aparece en la publicación sobre la historia de la hermandad, la cofradía que desfila el Jueves Santo no puso pegas, pero pidió por la expropiación más de 153.000 pesetas, tasación elevada luego por los peritos tasadores de la diócesis, aunque el Ayuntamiento de Zamora la rebajó hasta 70.000 pesetas, cantidad que se pagó en el contrato de compraventa suscrito en 1965.
El derribo de la capilla de San Miguel así como la supresión de todas los oratorios anejos a San Juan dejó a la cofradía sin lugar de culto, aunque en 1991 se autoriza a la Vera Cruz a disponer «de un espacio libre existente en el hastial del lado de la epístola» de la iglesia románica, donde actualmente está al culto el Nazareno, protegido por la verja de forja original de la capilla de San Miguel «gracias a la donación de María Teresa Pastor porque ella la había comprado y Chano Lorenzo logró que la regalaran a la cofradía», detalla José Andrés Casquero.
«La desaparición de la capilla supuso que la Vera Cruz perdiera la identidad de hermandad y desaparecieran los cultos», detalla Chano Lorenzo, quien en su etapa de presidente de la hermandad impulsó la puesta en marcha de una Casa de Hermandad de la Cofradía, cuyas obras comenzaron en octubre de 2011 y concluyeron dos años más gracias a la implicación de más de una veintena de personas de manera desinteresada, para «recuperar el espíritu de intensa hermandad, de confraternidad y el sentido de cofradía que conocí en mi juventud».
