Asombrados quedaron los regidores de Zamora al leer la carta que, desde Bruselas, fechada el 16 de enero de 1556 les dirigía el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, Carlos V anunciando los motivos y escrúpulos que le llevaban a renunciar a los reinos y señoríos que había gobernado, y comunicando la cesión de la Corona de España a su hijo el Príncipe Felipe, que reinaría con el título de Felipe II.

En el retiro de Yuste (Cáceres) le acompañaría hasta el último instante el zamorano Fray Francisco Villalba, monje jerónimo, destacado por sus trabajos en el Concilio de Trento y que después fue predicador de S.M.

Después de tantas guerras y conflictos, Carlos I entró en una fase de reflexión sobre sus vivencias y sobre sí mismo. La vida pública del emperador estaba llegando a su final. El balance de su vida y de lo que había hecho, no debieron satisfacerle totalmente. Su sueño de un Imperio Universal bajo los Habsburgo había fracasado. Sus posesiones de ultramar se habían acrecentado enormemente, pero sin que sus gobernadores hubieran podido implantar estructuras administrativas estables.

Carlos comenzaba a tener conciencia de que Europa debía encaminarse a ser gobernada por nuevos príncipes. Su concepción del Imperio había pasado y ya consideraba a España como potencia hegemónica.

Regresó a España en una travesía en barco desde Flandes hasta Laredo, con el propósito de curar la enfermedad de la gota en una comarca de la que le habían hablado por su buen clima, la comarca extremeña de La Vera, lugar donde se hospedó en el Castillo de Oropesa, hasta que finalizaron las obras de la casa-palacio que mandó construir junto al Monasterio de Yuste. En este plácido lugar permaneció un año y medio en retiro, alejado de las ciudades y de la vida política.

Finalmente, el 21 de septiembre de 1558 falleció de paludismo tras un mes de agonía y fiebres causadas por la picadura de un mosquito proveniente de uno de los estanques construido en el Palacio de Yuste.

En 1573 el rey Felipe II dispuso el traslado de los restos del difunto Emperador y de la infanta Leonor de Austria al Monasterio del Escorial.