La cofradía de San Fabián y San Sebastián de Valer echaba a andar con las bendiciones eclesiásticas en el año 1549 cuando sus ordenanzas eran aprobadas por el Vicario General del Arzobispado de Compostela al que pertenecía entonces la parroquia y la Vicaría de Aliste. Su objetivo era buscar el "normal funcionamiento de la hermandad" y estaban estructuradas en 20 reglas con unos cargos, juez, mayordomo y abades eran elegidos cada 20 de enero, siempre por un año. Siendo de obligada aceptación, quien resultaba elegido no podía renuncia salvo por una causa muy justificada como la enfermedad, pues de lo contrario se le imponía una multa que consistía en pagar todo lo que aquel día comiesen los cofrades.
Contaba con hermanos, la mayoría de Valer, pero también de otros pueblos como Flores, Puercas, Bercianos, Fradellos, Gallegos del Río y Campogrande. En 1545 contaba con un rebaño de 7 cabras, 3 ovejas y un cordero, con pastor propio para cuidarlo desde el día 29 de junio (San Pedro) hasta el 25 de diciembre (Navidad) en que se vendía la mayor parte de los corderos y cabritos para ayudar a los más necesitados. En la remodelación de las ordenanzas de la hermandad allá por 1805 se incluía que para ser cofrade eran requisitos imprescindibles: "Tener buenas costumbres, ser pacífico, cortés, templado en el vino y abstenido de palabras torpes y blasfemias".
Entre las obligaciones de los hermanos estaban las sociales, solidarias y religiosas. En 1601 estaban obligados a ayudar al hermano que en la época de la siega y de la trilla, julio y agosto, estuviese enfermo "dándole su jera", así como costear el entierro de los cofrades pobres al fallecer.
