El camino se iniciaba en septiembre de 1996 como Sección de Educación Secundaria, dependiente de la Universidad Laboral de Zamora, sólo con 7 profesores y cuatro grupos de alumnos de primero y segundo. Como Instituto de Secundaria nace en 1998. Uno de los momentos de mayor esplendor, siendo directora Manoli Calzada Mozo, se alcanzaron los 300 alumnos (con trece grupos), 143 más que en la actualidad.
El Instituto ha seguido una línea metodológica basada en la actividad, participación e individualización y socialización. Se basa en los principios de igualdad de oportunidades y pretende "compensar las carencias sociales y culturales de esta zona rural" considerando siempre al profesorado "no solamente un simple transmisor de conocimientos sino también como educador de personas concretas y con particularidades propias".
El objetivo, que se considera conseguido, "es formar personas libres, responsables, tolerantes, respetuosas y con juicio crítico para poder convivir con una sociedad democrática y plural". El centro de Alcañices preconiza la defensa de los derechos humanos, el respeto al medio ambiente y la salud, la educación para la paz y la solidaridad entre los pueblos.
