Respecto a la gestión de la Red Natura 2000 en la "Guía para comunicadores" se apunta que "cada Estado debe fijar las medidas de conservación necesarias, adoptar medidas para evitar el deterioro de hábitats naturales y de los hábitats de especies clave y realizar una evaluación de los planes y proyectos que puedan afectar a la Red Natura 2000 y no autorizarlos si pudieran tener efectos negativos sobre objetivos de conservación". Una gestión que en buena parte está transferida a las comunidades autónomas. Cada espacio, se indica, "debe contar con un plan o instrumento de gestión del lugar en el que se establece los objetivos de conservación y las medidas apropiadas para mantenerlo en un estado de conservación favorable". Al respecto, tras haber denunciado la Comisión Europea a España por la carencia de los obligados planes, la Junta de Castilla y León procedió a la aprobación de un plan director global para el conjunto de espacios de toda la comunidad. Un solución calificada de "papel mojado por algunos" especialistas en conservación. Además, los planes de gestión deben sacarse adelante "mediante la participación social y consulta pública". Otra cuestión vulnerada por la Junta de Castilla y León. Los autores de la Guía también destacan que "hay que tener en cuenta la enorme inversión que supone intentar restaurar un hábitat una vez que está deteriorado. Por ello, es mucho más útil conservar previamente que tener que remediar después lo perdido".
